在离职感言时，徐勇就曾说，以后可能在“老本行”生物学领域探索下一步的发展计划。和学信息技术的李彦宏不同，徐勇的主要兴趣在生物制药方面，他一直有创业的想法，在百度过得不舒心，加速了徐勇的出走。

那么一种合乎逻辑的推测就是：徐勇想创业的话，就急于将手中的股份套现，在上市的状况还不明朗的情况下，最快的办法就是百度被人收购，或者把手中的股份转让给其他投资者。而李彦宏一向认为百度独立发展、上市是最好的道路，反对让任何投资人控制百度，尤其是要提防Google。所以，徐勇手中持有的仅次于李彦宏的大量股份成了李彦宏一块心病。

在进行第三次融资前夕，李彦宏主导进行了“五人董事会”的改革。根据新规定，李彦宏任董事会主席，另外由前两轮的四个投资者各派出一名董事。

徐勇出局，丧失了在董事会的发言权。连董事会成员都不是，如何能参与制定公司的发展“策略”？

不仅如此，“五人董事会”还做出决定：未经各轮优先股绝大多数股东书面同意，公司创始人不得转让所持股份。这个决定具有非常明显的针对性。至此，李彦宏在公司内确立了绝对的控制权。外界普遍猜测，在徐勇离开百度时，李彦宏肯定以现金或其他方式收购了他所持有的部分百度股份。根据百度提交给SEC（美国证券交易委员会）的招股说明书显示，李彦宏的持股比例达到25.8％，但落后于第一大股东德丰杰（28.1%），而徐勇的股份则肯定下降到到10％以下。因为在招股说明书上寻不到徐勇的名字，根据规定，非管理团队持股比例在10％以下的个人，不必列在招股说明书当中，因此可以断定，离开时徐勇所持有的百度股份已经不足10％。

徐勇在百度基本上没什么事可干了，他原来所负责的工作已经被分拆到各部门，在高层有朱洪波负责。

徐勇在百度已经是光杆司令了。

2004年8月，徐勇向董事会提出辞职。2004年12月16日，徐勇正式离开位于理想国际大厦的百度办公室。在接受《第一财经日报》记者采访时，徐勇曾伤感地表示，不能亲历百度IPO将是他最大的遗憾。

离开后的徐勇不知道具体做了些什么。2005年8月5日，徐勇受李彦宏邀请共赴纳斯达克，见证了百度上市的历史一刻。百度IPO后，徐勇拥有百度7％的股份，百度的超凡表现，让徐勇也一夜之间成为了亿万富翁。随后，徐勇对外宣布，8月他将到美国斯坦福大学报到，进行为期一年的MBA学习，由一个创业型企业家暂时回归到一个专职的学生，为日后的东山再起积蓄能量。